Если доступ в сеть осуществляется через прокси сервер для большинства программ хватает настройки, расположенной в System-> Preferences -> Network Proxy. Однако на некоторые программы, к примеру aptitude, apt, такая настройка не действует, для того чтобы эти программы могли работать через прокси необходимо добавить в файл /etc/bash.bashrc следующие строки:

export http_proxy=http://username:password@proxyserver.net:port/
export ftp_proxy=http://username:password@proxyserver.net:port/

Для того чтобы настройки вступили в силу, в консоли надо набрать
source /etc/bash.bashrc